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| 1年（1989年） | 国立国会図書館所蔵の明治期刊行図書マイクロ事業化スタート（資料保存事業） |
丸善創業120周年記念商品「新厨房楽（しんちゅうぼうがく）・ハヤシビーフ」発売 |
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| 3年（1991年） | 外国雑誌の発注システム「MACS2」開発 |
新書『丸善ライブラリー』シリーズを創刊。 |
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| 5年（1993年） | 明治期刊行図書マイクロ版集成CD-ROM版索引完成、16万冊以上の書誌データを1枚に収録 |
最大規模の古文書類である池田家文庫藩政史料のマイクロ版発売 |
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125周年記念万年筆“オノトモデル”発売 |
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| 6年（1994年） | 2月、125周年記念のニューメディア商品として、シーボルト旧蔵『日本植物図譜』を出版 |
3月、当社125周年と岩波書店創業80周年記念の共同記念事業の一環として、ファクシミリ版『パリ国立図書館蔵／ベリー公のいとも美しき聖母時祷書』を刊行 |
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万国萬年筆大博覧会開催。安野光雅、八千草薫らがエッセイを寄せた『萬年筆物語』を出す |
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| 7年（1995年） | インターネット黎明期に、日本初の「丸善インターネットショッピング」サービス開始 |
バックインプリントサービス開始 カナダトロント大学図書館と提携し絶版本の複製本を制作 |
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| 9年（1997年） | インターネットを用いた書籍等の選書・発注・予算管理のシステムである「Superちょいす君」を開発。図書館と研究者をフルサポート。 |
| 10年（1998年） | 丸善ポイントカードサービス開始 |
| 11年（1999年） | 「Superちょいす君」の発展版である、学術情報ナビゲーション・システム「Knowledge Worker」サービス開始 |
創業130周年記念限定万年筆「檸檬」発売 |
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| 12年（2000年） | 宮内庁正倉院宝物の聖語蔵経巻カラーCD-R版、第1期発売開始 |
国立国会図書館所蔵の昭和前期刊行図書デジタル版集成［社会科学部門］発売開始 |
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| 16年（2004年） | 9月、丸の内本店開店 |
10月、日本橋店を建替えのために閉店 |
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| 18年（2006年） | 1月、プライバシーマーク認証取得 |
| 19年（2007年） | 3月9日、新生「日本橋店」オープン |
8月、大日本印刷（株）と業務・資本提携 |
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8月、丸善とAmazon.co.jpが共同で運営する「丸善オンラインストア」サービス開始 |
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| 20年（2008年） | 8月、大日本印刷（株）との資本提携関係を強化（連結子会社となる） |
| 21年（2009年） | 6月、創業140周年記念商品として、限定万年筆「檸檬」、特別限定版「新厨房楽（飛騨牛／プレミアム／限定復刻タンシチュー）」発売 |
10月、丸善・丸の内本店内に、松岡正剛プロデュースによるショップインショップ「松丸本舗」を開店 |
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| 22年（2010年） | 2月、丸善とTRCの経営統合により、共同持株会社「CHIグループ株式会社（現・丸善CHIホールディングス（株））」設立。（東京証券取引所の規定により、1月27日に丸善は上場廃止となる） |
8月、丸善（株）から店舗事業部門を分社し、丸善の連結子会社として丸善書店株式会社を新設。翌2011年2月に、CHIグループ株式会社（現・丸善CHIホールディングス（株））の完全子会社となった。 |
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| 23年（2011年） | 2月、丸善㈱から出版事業部門を分社し、丸善出版株式会社を新設。同日付でCHIグループ株式会社（現・丸善CHIホールディングス（株））の完全子会社となった。 |
